Ačkoli MOC i MOF obsahují kovové-organické koordinační vazby, existují základní rozdíly:
Rozměrovost: MOC jsou 0-rozměrné diskrétní molekuly, zatímco MOF jsou 2D nebo 3D nekonečně rozšířené sítě.
Rozpustnost: Většina MOC je rozpustná, zatímco MOF jsou obecně nerozpustné.
Stabilita: MOF mají obecně vyšší tepelnou stabilitu.
Aplikační zaměření: MOC vynikají v molekulárním rozpoznávání, zatímco MOF jsou vhodnější pro skladování plynu.